В соответствии с законодательством Российской Федерации и Уставом Союза органами управления Союза являются:

Общее собрание членов Союза - высший орган управления

Совет Союза - постоянно действующий коллегиальный орган управления

Директор Союза - исполнительный орган Союза

Компетенция органов управления Союза в соответствии с требованиями законодательства Российской Федерации установлена Уставом Союза и следующими внутренними документами Союза:

Положением «Об Общем собрании членов Союза «Профессиональный альянс инженеров-изыскателей»,

Положением «О Совете Союза «Профессиональный альянс инженеров-изыскателей»,

Положением «Об исполнительном органе Союза «Профессиональный альянс инженеров-изыскателей»